Одделот за ботаника е формиран како самостојна единица во 1959 година, а неговите почетоци датираат од 1957 година со вработувањето на Владимир Забијакин, кој го започнал обновувањето и развојот на одделот. Во почетокот, активностите биле насочени кон собирање на дендрофлора, мовови и мочуришни растенија, а подоцна биле проширени и на други растителни групи.

Северна Македонија се одликува со богато флористичко наследство, во кое доминираат васкуларните растенија, особено цветните растенија, како и мововите и папратите.

Денес, изложбата е систематски уредена и прикажува околу 200 видови хербариумски примероци, придружени со фотографии и едукативни панели. Научните истражувања се насочени кон ендемичните, реликтните и ретките растителни видови, како и кон родовите Campanula, Orobanche, Scabiosa, Allium, и други.

Во музејските депоа се чуваат повеќе од 34,000 хербариумски листови, а музејскиот хербариум е официјално регистриран во Index Herbariorum на Њујоршката ботаничка градина (код HMMNH).

Контакти: М-р Оливера Матевска, кустос советник, М-р Зоран Николов, кустос

Лаборант: Крсте Глигоров

Е-пошти: o.matevska@musmacscinat.mk,  z.nikolov@musmacscinat.mk